Comparative analyses of three grapevine Pinot gris virus cDNA clones reveal insights into the pathological properties of different phylogroups
Notice bibliographique
Résumé
Grapevine Pinot gris virus (GPGV) is an emerging grapevine virus associated with grapevine leaf mottling and deformation (GLMD) disease. Being a recently identified virus, the molecular biology, pathological properties, and etiological complexity of GPGV remain poorly studied. Previous research revealed that GPGV comprises genetically different variants, some encoding a larger movement protein (MP) and others a shorter MP due to a C/T polymorphic site in ORF2 encoding MP. Variants that encode the shorter MP are associated with severe disease, whereas variants encoding the longer MP are associated with mild or no symptoms. However, this has yet to be demonstrated experimentally. Here, we report the construction of a wildtype cDNA clone, pGPGV-SY, based on ON93-12, a local isolate from Syrah closely related to the variants encoding the larger MP. Surprisingly, our clone exhibited significantly faster replication and caused more severe disease symptoms than pRI::GPGV-lat, an Italian GPGV clone, with a longer MP and demonstrated similar efficacies with that of pRI::GPGV-vir, another Italian clone with a shorter MP. A single C to T mutation at the polymorphic site of pGPGV-SY resulted in a two-fold higher RNA accumulation in the grapevine. Findings from this work constitute a leap toward the long-standing and complex question pertaining to the relationship between GPGV variant groups and GLMD. Integrating findings from this work and those by others, we propose an updated model to explain the complex relationship between GPGV variants and GLMD. • GPGV isolates of Ontario, Canada encodes a longer movement protein. • The pGPGV-SY showed higher virus RNA accumulation than pRI::GPGV-lat although both encode longer form of movement protein. • A C to T mutation which modifies movement protein size also contributes in increased virus replication and pathogenicity. • The infection of GPGV impacts on virus RNA level, symptom development and recovery, symptom severity, budbursts and yield.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».