Unveiling the Complexity of KMT2A Rearrangements in Acute Myeloid Leukemias with Optical Genome Mapping
Notice bibliographique
Résumé
Background: KMT2A rearrangements are major genetic entities in the classification of acute myeloid leukemias (AMLs), but their diverse and frequently cryptic nature makes their detection and characterization challenging. Karyotypic anomalies at the KMT2A locus and/or abnormal KMT2A Fluorescence in situ hybridization (FISH) results strongly indicate a KMT2A fusion, but the identification of the translocation partner gene often requires further investigation. KMT2A partial tandem duplications (PTDs), on the other hand, are undetectable by standard cytogenetics methods. Methods: We herein report the optical genome mapping (OGM) analysis of 38 AML samples: 12 cryptic/hard-to-characterize KMT2A fusions, 20 KMT2A-PTDs and 6 cases with no KMT2A anomaly. Results: In all the fusion cases, the rearrangement between 5’KMT2A and the 3’partner gene was identified as a translocation t(v;11q23.3)(v;118479068), and the analysis of co-occurring variants elucidated the formation of the rearrangement. The KMT2A variants detected in the KMT2A-PTD cases were surprisingly diverse. Combined with RNAseq data, OGM analysis identified 9 distinct in-frame KMT2A-PTD variants among the 20 cases analyzed. Conclusions: With the clinical development of menin inhibitors for the treatment of patients with KMT2A-rearranged acute leukemias, the characterization of these rearrangements is of utmost importance. Our results suggest that OGM is a promising tool for accurate genetic diagnosis in this context.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».