Molecular signatures associated with venous thromboembolism in children with acute lymphoblastic leukemia
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Venous thromboembolism (VTE) is a frequent complication of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL). OBJECTIVES: We aimed to identify molecular markers and signatures of the leukemia microenvironment associated with VTE in childhood ALL by the dual-omics approach of gene expression and DNA methylation profiling. METHODS: Eligible children aged 1 to 21 years old with newly diagnosed ALL were enrolled in the Dana-Farber Cancer Institute 16-001 trial with available RNA sequencing data from bone marrow at diagnosis. The primary outcome was VTE requiring medical intervention, divided between early events (ETs), within 6 weeks from ALL diagnosis, or late events otherwise. We compared differential gene expression and DNA methylation in children with and without VTE and in the subgroup of children with ETs. The DNA methylation cis-regulation was explored by dual-omics integration. Functional gene set enrichment analyses were performed to assess dysregulated pathways associated with thrombosis. Gene expression profiling-based signature for the thrombosis-free interval was determined using the Kaplan-Meier estimator and log-rank tests. RESULTS: We included 248 patients (median age, 7.5 years; 78% precursor B-cell ALL), of whom 56 (23%) developed VTE. Genes and metabolic pathways involved in coagulation, platelet activation, and neutrophil extracellular trap formation were associated with ETs. Dual-omics analysis indicated that methylation reprogramming might be responsible for the overexpression of genes involved in neutrophil extracellular trap formation and coagulation in patients with ETs. A prothrombotic gene signature, based on VWF, PF4, and CXCL8 expression, predicted a thrombosis-free interval. CONCLUSION: This suggests that gene markers and epigenetic regulation of the leukemic microenvironment are drivers of VTE, notably ETs in childhood ALL.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».