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Enregistrement W4405467039 · doi:10.1016/s1473-3099(24)00588-7

Serotype distribution of remaining invasive pneumococcal disease after extensive use of ten-valent and 13-valent pneumococcal conjugate vaccines (the PSERENADE project): a global surveillance analysis

2024· article· en· W4405467039 sur OpenAlexaff
Maria Garcia Quesada, Meagan E. Peterson, Julia C. Bennett, Kyla Hayford, Scott L. Zeger, Yangyupei Yang, Marissa K. Hetrich, Daniel R. Feikin, Adam L. Cohen, Anne von Gottberg, Mark van der Linden, Nina M. van Sorge, Lúcia Helena de Oliveira, Sara de Miguel, İnci Yıldırım, Didrik F. Vestrheim, Jennifer R. Verani, Emmanuelle Varon, Palle Valentiner‐Branth, Georgina Tzanakaki, Nadja Sinkovec Zorko, Lena Setchanova, Fatima Serhan, Kevin J Scott, J. Anthony G. Scott, Camelia Savulescu, Larisa Savrasova, Rita Reyburn, Kazunori Oishi, J. Pekka Nuorti, Daniela Napoli, Jason M. Mwenda, Carmen Muñoz‐Almagro, Eva Morfeldt, Kimberley McMahon, Allison McGeer, Lucia Mad'arová, Grant Mackenzie, Maria Eugenia León, Shamez Ladhani, Karl G. Kristinsson, Jana Kozáková, Jackie Kleynhans, Nicola P. Klein, James D. Kellner, Sanjay Jayasinghe, Pak‐Leung Ho, Markus Hilty, Marcella Harker‐Jones, Laura L. Hammitt, Marta Grgič-Vitek, Charlotte Gilkison, Ryan Gierke, Neil French, Idrissa Diawara, Stefanie Desmet, Philippe De Wals, Tine Dalby, Ron Dagan, Mary Corcoran, Edoardo Colzani, Grettel Chanto Chacón, Jesús Castilla, Romina Camilli, Michelle Ang, Krow Ampofo, Samanta Cristine Grassi Almeida, Pedro Alarcón, Katherine L. O’Brien, Maria Deloria Knoll

Notice bibliographique

RevueThe Lancet Infectious Diseases · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePneumonia and Respiratory Infections
Établissements canadiensUniversité LavalUniversity of CalgaryAlberta Health ServicesUniversity Health Network
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesWorld Health OrganizationBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésPneumococcal diseaseSerotypePneumococcal conjugate vaccineConjugateVirologyStreptococcus pneumoniaeMedicineDistribution (mathematics)Disease surveillancePneumococcal infectionsDiseaseBiologyMicrobiologyMathematicsInternal medicineAntibiotics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Widespread use of pneumococcal conjugate vaccines (PCVs) has reduced vaccine-type invasive pneumococcal disease (IPD). We describe the serotype distribution of IPD after extensive use of ten-valent PCV (PCV10; Synflorix, GSK) and 13-valent PCV (PCV13; Prevenar 13, Pfizer) globally. METHODS: IPD data were obtained from surveillance sites participating in the WHO-commissioned Pneumococcal Serotype Replacement and Distribution Estimation (PSERENADE) project that exclusively used PCV10 or PCV13 (hereafter PCV10 and PCV13 sites, respectively) in their national immunisation programmes and had primary series uptake of at least 70%. Serotype distribution was estimated for IPD cases occurring 5 years or more after PCV10 or PCV13 introduction (ie, the mature period when the serotype distribution had stabilised) using multinomial Dirichlet regression, stratified by PCV product and age group (<5 years, 5-17 years, 18-49 years, and ≥50 years). FINDINGS: The analysis included cases occurring primarily between 2015 and 2018 from 42 PCV13 sites (63 362 cases) and 12 PCV10 sites (6806 cases) in 41 countries. Sites were mostly high income (36 [67%] of 54) and used three-dose or four-dose booster schedules (44 [81%]). At PCV10 sites, PCV10 serotypes caused 10·0% (95% CI 6·3-12·9) of IPD cases in children younger than 5 years and 15·5% (13·4-19·3) of cases in adults aged 50 years or older, while PCV13 serotypes caused 52·1% (49·2-65·4) and 45·6% (40·0-50·0), respectively. At PCV13 sites, PCV13 serotypes caused 26·4% (21·3-30·0) of IPD cases in children younger than 5 years and 29·5% (27·5-33·0) of cases in adults aged 50 years or older. The leading serotype at PCV10 sites was 19A in children younger than 5 years (30·6% [95% CI 18·2-43·1]) and adults aged 50 years or older (14·8% [11·9-17·8]). Serotype 3 was a top-ranked serotype, causing about 9% of cases in children younger than 5 years and 14% in adults aged 50 years or older at both PCV10 and PCV13 sites. Across all age and PCV10 or PCV13 strata, the proportion of IPD targeted by higher-valency PCVs beyond PCV13 was 4·1-9·7% for PCV15, 13·5-36·0% for PCV20, 29·9-53·8% for PCV21, 15·6-42·0% for PCV24, and 31·5-50·1% for PCV25. All top-ten ranked non-PCV13 serotypes are included in at least one higher-valency PCV. INTERPRETATION: The proportion of IPD due to serotypes included in PCVs in use was low in mature PCV10 and PCV13 settings. Serotype distribution differed between PCV10 and PCV13 sites and age groups. Higher-valency PCVs target most remaining IPD and are expected to extend impact. FUNDING: Bill & Melinda Gates Foundation as part of the WHO Pneumococcal Vaccines Technical Coordination Project.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,735

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations76
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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