Gastric Adenocarcinomas with CDX2 Induction Show Higher Frequency of TP53 and KMT2B Mutations and MYC Amplifications but Similar Survival Compared with Cancers with No CDX2 Induction
Notice bibliographique
Résumé
Background: Gastric cancer is one of the most prevalent gastrointestinal cancers. Mortality is high, and improved treatments are needed. A better understanding of the pathophysiology of the disease and discovery of biomarkers for targeted therapies are paramount for therapeutic progress. CDX2, a transcription factor of hindgut specification, is induced in several gastric cancers, especially with intestinal differentiation, and could be helpful for defining sub-types with particular characteristics. Methods: Gastric cancers with induced CDX2 mRNA expression were identified from the gastric cohort of The Cancer Genome Atlas (TCGA) and were compared with cancers that had no CDX2 mRNA induction. Induced CDX2 mRNA expression was defined as mRNA expression z-score relative to all samples above 0, and non-induced CDX2 mRNA expression was defined as mRNA expression z-score relative to all samples below −1. Results: Patients with gastric cancers with CDX2 mRNA induction were older, had less frequently diffuse histology, and more often had mutations in TP53 and KMT2B and amplifications in MYC. CDX2 induction was correlated with HNF4α induction and was reversely correlated with SOX2. Gastric cancers with CDX2 mRNA induction showed lower PD-L1 expression than cancers with lower CDX2 expression but did not differ in CLDN18 mRNA expression. Progression-free and overall survival of the two groups was also not significantly different. Conclusion: Gastric cancers with CDX2 mRNA induction displayed specific characteristics that differentiate them from cancers with no CDX2 induction and could be of interest for optimizing current and future therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».