Genetic Characterization of Plasmodium falciparum Histidine-Rich Protein 2 Deletions and Their Impact on Malaria Interventions in Odisha, India
Notice bibliographique
Résumé
Diagnostic escape via Plasmodium falciparum (P. falciparum) histidine-rich protein 2 (pfhrp2) gene deletions is a major potential hurdle for global malaria elimination efforts. We investigated the prevalence of pfhrp2 gene deletions in 15 malaria-endemic villages in the state of Odisha, India, and modeled their impact on an ongoing in-country malaria intervention program. We found that 61.6% of subpatent P. falciparum infections (i.e., rapid diagnostic test [RDT]-negative and positive by polymerase chain reaction [PCR]) had pfhrp2 gene deletions, which were predominantly located in the exon 2 region (96.2%) and largely identified in samples from febrile individuals (82.6%). DNA sequencing and protein diversity features were characterized in a subset of samples from individuals with subpatent infections carrying intact pfhrp2 exon 2 loci. Our analyses revealed novel amino acid repeat motifs (231-293 amino acids), and these variant repeat sequences differed from those of RDT+/PCR+ samples. We also evaluated the state-sponsored mass screening and treatment intervention in the context of pfhrp2 gene deletions. We found that mass screening and treatment conducted alongside additional interventions (e.g., long-lasting insecticidal net distribution, indoor residual spraying) reduced the relative risk of infection for both P. falciparum parasites harboring a pfhrp2 deletion (adjusted relative risk ratio [aRRR] = 0.3; 95% CI = 0.1-1.0) and P. falciparum parasites with intact pfhrp2 genes (aRRR = 0.4; 95% CI = 0.2-1.1) when compared with the use of mass screening and treatment by RDT alone. Combined, our findings highlight the need for alternative diagnostic targets and tools as India moves toward its goal of malaria elimination by 2030.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».