Chromosome-level genome assembly of Phortica okadai, a vector of Thelazia callipaeda
Notice bibliographique
Résumé
Phortica okadai, known as the vector of Thelazia callipaeda in Asia, is of concern to public health in the past few decades. We generated a high-quality chromosome-level genome assembly of P. okadai with a size of 263.82 Mb and a contig N50 of 15 Mb, scaffold N50 of 47.45 Mb, combining PacBio HiFi, Illumina short-reads, and Hi-C sequencing data. Approximately 98.5% of 100 contigs could be properly ordered and oriented into 6 pseudo-chromosomes and a total of 15,052 protein-coding genes were obtained from the P. okadai genome, of which 91.76% were functionally annotated. BUSCO analysis revealed that 96.20% of 1315 predicted genes were clearly covered the conserved invertebrate genes within the database. Additionally, 302 rRNAs, 377 tRNAs, 52 miRNAs, 40 snRNAs and 21 snoRNAs were detected. In conclusion, this high-quality chromosome level reference genome will be a valuable resource for furthering the fields of ecology, genetics, evolution and functional genomics of P. okadai.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».