Broth microdilution protocol for determining antimicrobial susceptibility of Legionella pneumophila to clinically relevant antimicrobials
Notice bibliographique
Résumé
Currently there is no detailed, internationally agreed protocol defined to evaluate antimicrobial susceptibility testing (AST) for Legionella pneumophila (required to establish epidemiological cut-off value or “ECOFF” boundaries); therefore, antimicrobial resistance in these isolates cannot be defined. AST methods utilising media containing activated charcoal as an ingredient, to enable Legionella growth, are unreliable as noted in an internationally authored opinion paper and a new gold standard is required. Here we define a detailed protocol for broth microdilution (BMD) using defined cell culture collection-deposited control reference strains (Philadelphia-1 and Knoxville-1) as well as two accessible reference strains with moderately ( lpeAB -carrying) and markedly (23S rRNA mutation-carrying) elevated azithromycin minimum inhibitory concentration (MIC). The defined protocol enables up to eight L. pneumophila strains to be set up on a single 96-well plate per antimicrobial tested. Initial ranges to routinely capture an MIC for these reference strains using clinically relevant antimicrobials azithromycin (0.01–0.25 mg/L), levofloxacin (0.008–0.03 mg/L), lefamulin (0.01–2 mg/L), rifampicin (0.0002–0.0008 mg/L) and doxycycline (0.25–16 mg/L) following incubation for 48 h at 37 °C in a shaking incubator have been empirically determined. Establishment of this internationally agreed protocol sets the scene for the next step: validation and comparison of antimicrobial ranges between international Legionella reference laboratories to establish putative resistance cut-off thresholds for these clinically relevant antimicrobials. • Internationally agreed microbroth dilution method for Legionella pneumophila AST. • Characterised susceptible and MIC-elevated strains for quality controls identified. • Putative antimicrobial ranges for further multi-site validation proposed. • Optimal conditions for reliable Legionella pneumophila AST defined. • Link to instructional video provided.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».