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Enregistrement W4405616589 · doi:10.1111/febs.17357

Conversion of pyridoxal to pyridoxamine with <scp>NH</scp> <sub>3</sub> and <scp>H</scp> <sub>2</sub> on nickel generates a protometabolic nitrogen shuttle under serpentinizing conditions

2024· article· en· W4405616589 sur OpenAlexaff
Manon Laura Schlikker, Max Brabender, Loraine Schwander, Carolina García García, M. Burmeister, Sabine Metzger, Joseph Moran, William Martin

Notice bibliographique

RevueFEBS Journal · 2024
Typearticle
Langueen
DomainePhysics and Astronomy
ThématiqueOrigins and Evolution of Life
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesVolkswagen FoundationH2020 European Research CouncilDeutsche ForschungsgemeinschaftEuropean Commission
Mots-clésTransaminationPyridoxamineChemistryCatalysisPyridoxalAmino acidNickelStereochemistryEnzymeMedicinal chemistryBiochemistryOrganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Serpentinizing hydrothermal vents are likely sites for the origin of metabolism because they produce H 2 as a source of electrons for CO 2 reduction while depositing zero‐valent iron, cobalt, and nickel as catalysts for organic reactions. Recent work has shown that solid‐state nickel can catalyze the H 2 ‐dependent reduction of CO 2 to various organic acids and their reductive amination with H 2 and NH 3 to biological amino acids under the conditions of H 2 ‐producing hydrothermal vents and that amino acid synthesis from NH 3 , H 2 , and 2‐oxoacids is facile in the presence of Ni 0 . Such reactions suggest a metallic origin of metabolism during early biochemical evolution because single metals replace the function of over 130 enzymatic reactions at the core of metabolism in microbes that use the acetyl‐CoA pathway of CO 2 fixation. Yet solid‐state catalysts tether primordial amino synthesis to a mineral surface. Many studies have shown that pyridoxal catalyzes transamination reactions without enzymes. Here we show that pyridoxamine, the NH 2 ‐transferring intermediate in pyridoxal‐dependent transamination reactions, is generated from pyridoxal by reaction with NH 3 (as little as 5 m m ) and H 2 (5 bar) on Ni 0 as catalyst at pH 11 and 80 °C within hours. These conditions correspond to those in hydrothermal vents undergoing active serpentinization. The results indicate that at the origin of metabolism, pyridoxamine provided a soluble, organic amino donor for aqueous amino acid synthesis, mediating an evolutionary transition from NH 3 ‐dependent amino acid synthesis on inorganic surfaces to pyridoxamine‐dependent organic reactions in the aqueous phase.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,092
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,241
Écart entre enseignants0,229 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations8
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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