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Enregistrement W4405624732 · doi:10.1101/2024.12.16.628689

Immunometabolic analysis of primary murine Group 2 Innate Lymphoid Cells: a robust step-by-step approach

2024· preprint· en· W4405624732 sur OpenAlexaff
Sai Sakktee Krisna, Rebecca C. Deagle, Nailya Ismailova, Ademola Esomojumi, Audrey Roy-Dorval, F. X. Roth, Gabriel Berberi, Sonia V. del Rincón, Jörg H. Fritz

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueIL-33, ST2, and ILC Pathways
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésInnate lymphoid cellBiologyEffectorPhenotypeInnate immune systemCrosstalkFlow cytometryImmune systemImmunologyAcquired immune systemCell biologyComputational biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Group 2 Innate Lymphoid Cells (ILC2s) have recently been shown to exert key regulatory functions in innate and adaptive immune response networks that drive the establishment and progression of type 2 immunity and its associated pathologies. Although mainly tissue resident, ILC2s and their crosstalk within tissue microenvironments influences both local and systemic metabolism. In turn, the metabolic status shapes the diverse ILC2 phenotypes and effector functions. Hence, deciphering the metabolic networks of ILC2s is essential in understanding ILC2’s roles in health as well as pathophysiologies. Here we detail a framework of experimental approaches to study key immunometabolic states of primary murine ILC2s and link them to phenotypes and functionality. Utilizing flow cytometry, Single Cell ENergetIc metabolism by ProfilIng Translation inhibition (SCENITH) as well as the Seahorse platform we provide a framework that allows in-depth analysis of cellular bioenergetic states to determine the immunometabolic wiring of ILC2. Linking immunometabolic states and networks to ILC2 phenotypes and effector functions will allow in-depth studies that assess the potential of novel pharmaceutics to alter ILC2 functionality in experimental and clinical settings.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict), Intégrité de la recherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,244
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,189
Écart entre enseignants0,177 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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