Genome-Wide Association Study of Nigerien and Senegalese Sorghum Genotypes for their Response to Downy Mildew
Notice bibliographique
Résumé
Sorghum, a multipurpose and drought-tolerant crop, will play an integral role in future food security, especially in the drier tropics. In Niger and Senegal, sorghum supplies the daily caloric needs of millions of inhabitants. One of the major constraints to sorghum production is downy mildew incited by Peronosclerospora sorghi. In this communication, we report the results of a genome-wide association study (GWAS) of a subset of the 120 accessions from Niger and Senegal for downy mildew response under natural infection. The GWAS revealed several loci that have already been reported for their role in plant disease resistance response. Significant SNPs identified on chromosomes 1 and 5 traced back to genomic regions neighboring loci coding for transcription factors involved in biotic stress response. On chromosome 4, the SNP identified was less than 5 kb apart from a gene coding for an E3 ubiquitin ligase enzyme that regulates gene expression levels in relation to plant disease resistance. A membrane-bound protein involved in programmed cell death on chromosome 6 and a transposase on chromosome 8 were identified. Furthermore, a SNP locus that has not been reported previously for biotic stress response was also identified on chromosome 10. This SNP was 4.94 kb downstream of Sobic.010G172100, which encodes a protein similar to the basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factor. bHLHs are known for their role in abiotic stress responses. Further work to validate and confirm the activities of the identified SNPs in resistance response will be conducted. 
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».