Contribution of local recombination and AT-biased mutations to differentiated region formation along a speciation continuum
Notice bibliographique
Résumé
Genome features can interact with evolutionary processes and involve in the formation of differentiated regions potentially containing adaptation and speciation loci. However, GC content that can elevate regional mutation rate and is positively correlated with recombination has not been investigated in evolving lineages. Here, we employed 499 genomes of Apis cerana, with a widely distributed Central lineage diverged with its peripheral lineages at both population genetic and phylogenetic timescales, to investigate mutation accumulation and lineage divergence along the speciation continuum. We found differentiated regions are generally with lower recombination and GC compared with the rest of the genome, and with lower divergence (dxy) initially to higher ones at deeper timescale. Higher mutation load in low-GC regions in all A. cerana lineages suggest the important role of restricted recombination instead of selection on differentiated region formation. In addition, most mutations are AT-biased that derived from GC, resulting in lower mutation rate and nucleotide diversity in low-GC regions. AT-biased mutations can be counteracted by GC-biased gene conversion (fixation of GC alleles). While in low-GC regions, we found higher percentage of nearly fixed AT alleles in all peripheral lineages compared with Central lineage, supporting the contribution of AT-biased mutations to lineage divergence. Finally, low-GC regions possess higher proportion of lineage-specific polymorphisms than high-GC regions, and reconciliate discordance between mitochondrial and nuclear phylogenies in A. cerana. Our results shed light on the contribution of polymorphisms in low-GC regions to differentiated region formation along the speciation continuum and their application in reconstruction of intraspecific phylogeny.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».