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Enregistrement W4405651848 · doi:10.1002/smtd.202401600

Dimeric DNA Aptamers for the Spike Protein of SARS‐CoV‐2 Derived from a Structured Library with Dual Random Domains

2024· article· en· W4405651848 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueSmall Methods · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacs
Mots-clésAptamerLinkerDNAComputational biologySystematic evolution of ligands by exponential enrichmentAvidityChemistryTarget proteinIn vitroSELEX Aptamer TechniqueCombinatorial chemistryBiophysicsBiologyMolecular biologyComputer scienceBiochemistryGeneticsRNAGeneAntibody

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Multimeric aptamer strategies are often adopted to improve the binding affinity of an aptamer toward its target molecules. In most cases, multimeric aptamers are constructed by connecting pre‐identified monomeric aptamers derived from in vitro selection. Although multimerization provides an added benefit of enhanced binding avidity, the characterization of different aptamer pairings adds more steps to an already lengthy procedure. Therefore, an aptamer engineering strategy that directly selects for multimeric aptamers is highly desirable. Here, an in vitro selection strategy is reported on using a pre‐structured DNA library that forms dimeric aptamers. Rather than using a library containing a single random region, which is nearly ubiquitous in existing aptamer selections, the library contains two random regions separated by a flexible poly‐thymidine linker. Following sixteen rounds of selection against the SARS‐CoV‐2 spike protein, a relevant model target protein due to the COVID‐19 pandemic, the top aptamers displayed superb affinity with K D values as low as 150 pM. Further analysis reveals that each random region functions as a distinct binding moiety and works together to achieve higher affinity. The demonstrated strategy provides an accelerated method to obtain high‐affinity aptamers, which may prove useful in future aptamer diagnostic and therapeutic applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,083
Score d'incertitude au seuil0,464

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,304 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle