Complete chloroplast genome data reveal the existence of the Solidago canadensis L. complex and its potential introduction pathways into China
Notice bibliographique
Résumé
Solidago canadensis , native to North America, is an invasive species in many areas of the world, where it causes serious damage to natural ecosystems and economic losses. However, a dearth of genetic resources and molecular markers has hampered our understanding of its invasion history. Here, we de novo assembled 40 complete chloroplast genomes of Solidago species, including 21 S. canadensis individuals, 15 S. altissima individuals, and four S. decurrens individuals, the sizes of which ranged from 152,412 bp to 153,170 bp. The phylogenetic trees based on the complete chloroplast genome sequences and nuclear genome-wide SNP data showed that S. canadensis and S. altissima cluster together and form a monophyletic pair, as sister to S. decurrens , indicating the existence of the S. canadensis L. complex in China. Three potential introduction pathways were identified. The chloroplast-genome structure and gene contents are conservative in the genomes of the S. canadensis L. complex and S. decurrens . The analysis of sequence divergence indicated five variable regions, and 10 chloroplast protein-coding genes that underwent positive selection were identified. Our findings shed new light on the invasion history of S. canadensis and the data sets generated in this study will facilitate future research on its chloroplast genome evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».