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Enregistrement W4405698981 · doi:10.1101/2024.12.22.629684

Restriction on Ku’s Inward Translocation Caps Telomere Ends

2024· preprint· en· W4405698981 sur OpenAlexaff
Stefano Mattarocci, Sonia Baconnais, Florian Roisné-Hamelin, Sabrina Pobiega, Olivier Alibert, Vincent Morin, Alice Deshayes, Xavier Veaute, Virginie Ropars, Maelenn Chevreuil, Johannes Mehringer, Didier Busso, Gerard Mazón, Paloma F. Varela, Éric Le Cam, Jean‐Baptiste Charbonnier, Philippe Cuniasse, Stéphane Marcand

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2024
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueChromosomal and Genetic Variations
Établissements canadiensCanadian Nautical Research Society
Organismes subventionnairesFrench Infrastructure for Integrated Structural BiologyGrand Équipement National De Calcul IntensifUniversité Paris-SaclayLigue Contre le CancerFondation pour la Recherche MédicaleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleFondation ARC pour la Recherche sur le CancerAgence Nationale de la RechercheCentre National de la Recherche ScientifiqueEquipex
Mots-clésTelomereChromosomal translocationBiologyTelomere-binding proteinRap1DNACell biologyNon-homologous end joiningGeneticsChemistryHomologous recombinationDNA-binding proteinTranscription factorGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Safeguarding chromosome ends against fusions via nonhomologous end joining (NHEJ) is essential for preserving genome integrity. Paradoxically, the conserved NHEJ core factor Ku binds telomere ends. How it is prevented from promoting NHEJ remains unclear, as does the mechanism that allows Ku to coexist with telomere-protective DNA binding proteins, e.g., Rap1 in Saccharomyces cerevisiae . Here, we reveal a direct role for Rap1 in the inhibition of Ku’s NHEJ function at telomeres. A single Rap1 molecule bound near a DNA end inhibits NHEJ in vivo without disrupting Ku presence. Consistent with this, Rap1 and Ku form a complex on short DNA duplexes in vitro . Cryo-EM and molecular modelling analysis of this complex shows that Rap1 obstructs Ku’s inward translocation on DNA – an essential step for NHEJ at broken ends. Nanopore sequencing of telomere fusions confirms the importance of this pathway in protecting native telomere ends. Collectively, our findings uncover a mechanism of telomere end protection mediated by restricting Ku’s inward translocation, a functional switch that prevents promiscuous NHEJ repair at telomeres.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,012

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,206
Écart entre enseignants0,189 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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