VGLL fusions define a new class of intraparenchymal central nervous system schwannoma
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Intracerebral schwannomas are rare tumors resembling their peripheral nerve sheath counterparts but localized in the central nervous system (CNS). They are not classified as a separate tumor type in the 2021 World Health Organization classification. This study aimed to compile and characterize these rare neoplasms morphologically and molecularly. METHODS: We analyzed 20 tumor samples by histology, RNA next-generation sequencing, DNA-methylation profiling, copy number analyses, and single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq). Clinical data, including age, sex, and disease progression, were collected. Magnetic resonance imaging (MRI) series were included when available. RESULTS: All cases with tissue available for histology review (n = 13) were morphologically consistent with intracerebral schwannoma, but differed in their extent of glial fibrillary acidic protein staining. All (n = 20) shared DNA-methylation profiles distinct from other CNS tumors, as well as from Vestigial-like family (VGLL)-altered peripheral nerve sheath tumors. Most cases (n = 14/17) harbored fusions of either Vestigial-like family member 3 (VGLL3) or Vestigial-like Family member 1 (VGLL1) (CHD7::VGLL3 [n = 9/17] and EWSR1::VGLL1 [n = 5/17]). In 2 cases, the presence of a VGLL3 fusion was also confirmed by copy number analyses (n = 2/17). MRI (n = 4) showed well-defined, nodular tumors with strong, homogeneous enhancement and no diffusion restriction. Tumors were located throughout the neuroaxis (supratentorial [n = 15], infratentorial [n = 4], and spinal [n = 1]). snRNA-seq of a VGLL1-fused tumor indicated VGLL1 upregulation in 28.6% of tumor cells (n = 1). During a median follow-up of 1.8 years (range 3 months-9 years), none of the tumors recurred (n = 10). CONCLUSIONS: We identify and define a new benign tumor class, designated VGLL-altered intraparenchymal CNS schwannomas. These tumors feature VGLL alterations and a specific DNA-methylation profile, with schwannoma-like histopathology and CNS localization, akin to previously classified intracerebral schwannomas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».