Cell-associated viral community composition and its functional potential in a dimictic lake on the Canadian Shield
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The Turkey Lake Watershed (TLW), located in Northern Ontario, forms a cascading lake system that ultimately drains into Lake Superior. Historically, the TLW has served as a key research site for studies on acid rain and climate change. Despite its long-standing ecological importance, investigations into its microbial communities remain limited, and to date, no studies have explicitly examined the viral component of this watershed. A major obstacle to such research is the challenge of obtaining sufficient viral biomass from remote locations like the TLW for downstream sequencing and analysis. To address this, we focused on viral signatures associated with microbial cells, which require less biomass at the time of collection. Using this approach, we conducted a seasonal metagenomic survey of Big Turkey Lake (BTL)—one of the primary lakes within the TLW—from summer 2018 to winter 2020. Our study characterized the diversity and composition of cell-associated viral communities, predicted potential host relationships, and identified auxiliary metabolic genes (AMGs) to better understand the functional roles of these viruses. The results revealed a dynamic viral community that varied across seasons. Most viral contigs were classified within the class Caudoviricetes , while members of the Phycodnaviridae emerged as important non-bacteriophage contributors to the viral assemblage. We also reconstructed six draft viral metagenome-assembled genomes (vMAGs), ranging in size from 11 to 45 kbp, all identified as Caudoviricetes , with two being potential temperate phages, and a third containing ribosomal genes. Notably, AMGs associated with lipid metabolism were detected exclusively in a winter sample, suggesting a potential season- or niche-specific role for these genes in BTL, while AMGs related to phosphorus acquisition were present in all samples. Together, these findings provide the first insight into the viral ecology of the TLW and establish a foundation for future studies investigating the roles of viruses in shaping the microbial dynamics in this important habitat.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».