The Calcium-Dependent Antibiotics: Structure–Activity Relationships and Determination of Their Lipid Target
Notice bibliographique
Résumé
. Their target was unknown, and the mechanism of action is uncertain. Herein, we report new routes for the synthesis of CDA4b and its analogues, explore the structure-activity relationships at its lipid tail and at positions 3, 9, and 11, and determine the CDAs' lipid target. A CDA4b analogue in which the epoxide group in CDA's 6-carbon lipid was replaced with a cyclopropyl group was 4-fold more active than CDA4b which suggests that the epoxide group is not acting as an electrophile to form a covalent bond with CDA4b's target. The activity of this cyclopropyl analogue was significantly increased by extending the length of the lipid to 10 carbons. Studies with analogues in which d-HOAsn9 is replaced with d-Asn9 or d-Ser9 reveal that the hydroxy group of the d-HOAsn9 residue is not crucial for CDAs' activity, while the amide moiety is important for activity. The l-Trp residue at position 11 could be replaced with l-kynurenine (l-Kyn) without significant loss of activity, while replacing the d-Trp residue at position 3 with d-Kyn resulted in a significant loss of activity. MIC values determined in the presence and absence of exogenous phospholipids and fluorescence spectroscopy studies using natural CDAs and CDA4b analogues containing Kyn and model membranes revealed that the CDAs' primary lipid target is cardiolipin, a target that is unique among the broader class of known calcium-dependent antibiotics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».