Temporally overlapping mechanisms diversify clonal B cell responses <i>in vivo</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Naive B cells amplify and diversify their responses when activated by cognate antigen, via Myc-dependent clonal expansion, immunoglobulin class switch recombination (CSR), phenotypic variation, and somatic hypermutation (SHM). Whether these mechanisms act combinatorially in vivo to diversify clonal responses to a single pathogen remains unclear. Since diversity in the antigenic targets, functional classes, and production kinetics of parasite-specific antibodies influences immunity to malaria, we test here whether individual B cell clones diversify over time during Plasmodium infection and treatment. During the first week of infection, amid widespread Type I Interferon (IFN)-mediated bystander activation, CSR initiates soon after Myc up-regulation, and overlaps partially with clonal expansion, resulting in isotype variegation amongst clones. During the second week of infection, expanded clones that seed germinal centres (GC) bifurcate into extra-follicular plasmablasts, exhibit isotype variegation, and initiate SHM, revealing substantial intra-clonal diversification. Over the following month, GC clones exhibit SHM at approximately four mutations per week, with IgG mutational diversity and IgM + cells also preserved in GCs over time. Anti-malarial intervention does not impede SHM, but instead exerts quantitative limits on GC size, plasma cell emergence, circulating IgG levels, and protection against re-infection. Finally, contemporaneous B cell development relocates from bone marrow to spleen during infection and treatment. Thus, multiple temporally overlapping mechanisms combine in vivo to amplify, diversify, and safeguard humoral immune responses. We present this data as a temporal, multi-parameter atlas of B cell differentiation in vivo: https://bcell-dynamics.science.unimelb.edu.au Graphical abstract Highlights Partial temporal overlap of CSR with clonal expansion leads to isotype variegation in clones. Clones seeding GCs bifurcate into plasmablasts and exhibit isotype variegation. GC B cells accrue ∼4 mutations/week, a rate unaffected by anti-malarials. Plasmodium infection triggers antigen-independent Type I IFN-mediated bystander activation. B cell development is preserved in malaria by shifting from bone marrow to spleen.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».