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Enregistrement W4405739510 · doi:10.1021/acsomega.4c08735

Human-Validated Neural Networks for Precise Amastigote Categorization and Quantification to Accelerate Drug Discovery in Leishmaniasis

2024· article· en· W4405739510 sur OpenAlexaff
Andrey Gaspar Sorrilha-Rodrigues, João Lucas Aparecido Rocha Paes, Yasmin Silva Rizk, Fernanda da Silva, Rafael Francisco Rosalem, Carla Cardozo Pinto de Arruda, Carlos Alexandre Carollo

Notice bibliographique

RevueACS Omega · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueComputational Drug Discovery Methods
Établissements canadiensIONICS Mass Spectrometry (Canada)
Organismes subventionnairesFundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do SulConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoUniversidade Federal de Mato Grosso do SulCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
Mots-clésAmastigoteLeishmaniaComputational biologyLeishmaniasisCategorizationDrugDrug discoveryArtificial intelligenceMachine learningComputer scienceBiologyMedicinePharmacologyBioinformaticsPathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Leishmaniases present a significant global health challenge with limited and often inadequate treatment options available. Traditional microscopic methods for detecting Leishmania amastigotes are time-consuming and error-prone, highlighting the need for automated approaches. This study aimed to implement and validate the YOLOv8 deep learning model for real-time detection, quantification, and categorization of Leishmania amastigotes to enhance drug screening assays. YOLOv8 was trained on 470 images from two microscopes, classifying them into categories such as "infected cells," "intracellular amastigotes," "uninfected cells," and "edge cells." The model's performance was compared to human operators using Pearson and Spearman correlation analyses. YOLOv8 achieved strong performance in detecting "infected cells" (AUC = 0.934) and "intracellular amastigotes" (AUC = 0.846). However, challenges remained in differentiating extracellular amastigotes from background noise (AUC = 0.672). Despite these challenges, the YOLOv8 model effectively minimized human variability in drug screening, providing a reliable and efficient tool for the quantification and categorization of Leishmania amastigotes in drug discovery efforts. While further refinements are required to resolve misclassification issues, the model demonstrates significant potential in enhancing both accuracy and throughput in preclinical assays.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCommunication savante
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,568
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,290 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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