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Enregistrement W4405743554 · doi:10.1186/s12864-024-11108-1

Yield increment and transcriptome response caused by blue light treatment in Hericium coralloides

2024· article· en· W4405743554 sur OpenAlexaff
Yan Zhu, Chuanwen Jia, Chao Wang, Shurui Zhang, Xue-Yan Yuan, H. J. Yang, Tom Hsiang, Qi Bao, Zhanwu Peng, Yu Li, Shuyan Liu

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueFungal Biology and Applications
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesJilin Agricultural University
Mots-clésBiologyTranscriptomeBlue lightLight intensityBotanyGeneGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Hericium coralloides is a traditional edible and medicinal mushroom. Light is a key factor in forming fruiting bodies of fungi; however, the effects of different light on the yield and morphogenesis of H. coralloides are still unknown. Therefore, the morphology, yield, and transcriptome of H. coralloides under blue, red, and white light conditions were investigated. RESULT: Fruiting bodies under blue light exhibited superior morphological traits, such as milky white color, larger size, elongated stalks, and higher spine count, leading to higher yields. Different light treatments led to dramatic transcriptome changes ranging from 10,827 differentially expressed genes (DEGs) induced by blue light in Blue-4d to 11,375 DEGs induced by red light in Red-4d and accounted for 64.56% to 67.81% of all expressed genes. This massive amount of light-responsive genes has never been reported in fungi. Gene Ontology analysis showed that light affected nearly all aspects of life in H. coralloides; suggesting that the influence of light on fungi may have been underestimated. Blue light-induced yield increment may be achieved by specifically upregulating the growth-related processes such as DNA replication, chromosomes, and cell division. CONCLUSIONS: This study offers preliminary insights into the potential role of blue light in modulating gene expression and yield stimulation in H. coralloides, potentially improving cultivation practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,276
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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