TP53 and c-myc Co-alterations: A hallmark of oral cancer progression
Notice bibliographique
Résumé
Background: Head and neck squamous cell carcinoma, including oral cancer, is the sixth most common cancer worldwide. Despite advances in surgery and treatment, the 5-year survival rate has not improved significantly. Therefore, reliable molecular markers for oral cancer progression are badly needed. Methods: We conducted a copy number analysis to estimate amplification status of c-myc, cycD1 and EGFR oncogenes, mutational PCR-SSCP analysis to determine activation of H-ras oncogene and inactivation of TP53 tumour suppressor gene and methylation specific PCR analysis to evaluate hypermethylation of p16 and MGMT genes. Results: c-myc oncogene was amplified in 56.7%, cycDI in 20% and EGFR in 16.7% of Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC) cases while H-ras was activated in 33.3% of samples. Amplification of c-myc was significantly associated with the tumour grade 2. Interestingly, EGFR and H-ras alterations were mutually exclusive. p16 and MGMT were inactivated by hypermethylation in 30% and 13.3% of cases. Co-alteration of cycDI and p16 were not observed in any of the analyzed samples. TP53 was inactivated in 56.7% of samples and was significantly associated with progression of OSCC, grade 2 and stage 2. Moreover, TP53 and c-myc oncogene were simultaneously altered in grade 2 OSCC. Conclusions: The most promising marker of OSCC progression remains the TP53 tumour suppressor, which is the most frequently mutated gene in oral cancers. Since there is synergism between TP53 and c-myc, it seems that co-alteration of these two genes could be also a good marker of OSCC progression from grade1 to grade 2 tumours.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».