MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4405796396 · doi:10.1021/acs.jproteome.4c00521

Multi-Omics Study Reveals Nc886/vtRNA2-1 as a Positive Regulator of Prostate Cancer Cell Immunity

2024· article· en· W4405796396 sur OpenAlexaff
Carolina Oliveira‐Rizzo, Ana Julia Fernández-Álvarez, Graciela L. Boccaccio, Beatríz Garat, José Sotelo‐Silveira, Shahbaz Khan, Vladimir Ignatchenko, Yong Sun Lee, Thomas Kislinger, Stanley K. Liu, Rafael Sebastián Fort, Marı́a Ana Duhagon

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related molecular mechanisms research
Établissements canadiensSunnybrook Health Science CentreUniversity of TorontoPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesComisión Sectorial de Investigación CientíficaUniversidad de la República UruguayAgencia Nacional de Investigación e InnovaciónPrograma de Desarrollo de las Ciencias Básicas
Mots-clésLNCaPDU145Prostate cancerBiologyImmune systemCancer researchInterferonRegulatorInnate immune systemTranscriptomeCancerImmunologyGeneticsGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Noncoding RNA 886 has emerged as a pivotal regulatory RNA with distinct functions across tissues, acting as a regulator of protein activity by directly binding to protein partners. While it is well recognized as a tumor suppressor in prostate cancer, the underlying molecular mechanisms remain elusive. To discover the principal pathways regulated by nc886 in prostate cancer, we used a transcriptomic and proteomic approach analyzing malignant DU145, LNCaP, PC3, and benign RWPE-1 prostate cell line models transiently transfected with in vitro transcribed nc886 or antisense oligonucleotides. Multiomics revelead a significant enrichment of immune system-related pathways across the cell lines, including cytokines and interferon signaling. The interferon response provoked by nc886 was validated by functional assays. The invariability of PKR phosphorylation and NF-κB activity in the gain/loss of nc886 function experiments and the positive regulation of innate immunity suggest a PKR-independent mechanism of nc886 action. Accordingly, the GSEA of the PRAD-TCGA data set revealed immune stimulation as the nc886 most associated node also in the clinical setting. Our study showed that the reduction of nc886 leads to a blunted immune response in prostate cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,738

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,401
Écart entre enseignants0,367 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Proteome ResearchMême sujetCancer-related molecular mechanisms researchTravaux en français237 207