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Enregistrement W4405798939 · doi:10.1002/pro.70022

The structural influence of the oncogenic driver mutation <scp>N642H</scp> in the <scp>STAT5B SH2</scp> domain

2024· article· en· W4405798939 sur OpenAlexafffund
Liam Haas‐Neill, Deniz Meneksedag‐Erol, Ayesha Chaudhry, Masha Novoselova, Qirat F. Ashraf, Elvin D. de Araujo, Derek J. Wilson, Sarah Rauscher

Notice bibliographique

RevueProtein Science · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTuberculosis Research and Epidemiology
Établissements canadiensYork UniversityUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaAlliance de recherche numérique du Canada
Mots-clésDimerMolecular dynamicsChemistryMutationHydrogen bondSH2 domainBiophysicsPoint mutationBiochemistryPhosphorylationBiologyProto-oncogene tyrosine-protein kinase SrcGeneMoleculeComputational chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The point mutation N642H of the signal transducer and activator of transcription 5B (STAT5B) protein is associated with aggressive and drug‐resistant forms of leukemia. This mutation is thought to promote cancer due to hyperactivation of STAT5B caused by increased stability of the active, parallel dimer state. However, the molecular mechanism leading to this stabilization is not well understood as there is currently no structure of the parallel dimer. To investigate the mutation's mechanism of action, we conducted extensive all‐atom molecular dynamics simulations of multiple oligomeric forms of both STAT5B and STAT5B N642H , including a model for the parallel dimer. The N642H mutation directly affects the hydrogen bonding network within the phosphotyrosine (pY)‐binding pocket of the parallel dimer, enhancing the pY‐binding interaction. The simulations indicate that apo STAT5B is highly flexible, exploring a diverse conformational space. In contrast, apo STAT5B N642H accesses two distinct conformational states, one of which resembles the conformation of the parallel dimer. The simulation predictions of the effects of the mutation on structure and dynamics are supported by the results of hydrogen‐deuterium exchange (HDX) mass spectrometry measurements carried out on STAT5B and STAT5B N642H in which a phosphopeptide was used to mimic the effects of parallel dimerization on the SH2 domain. The molecular‐level information uncovered in this work contributes to our understanding of STAT5B hyperactivation by the N642H mutation and could help pave the way for novel therapeutic strategies targeting this mutation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,784
Score d'incertitude au seuil0,997

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,002
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,328
Écart entre enseignants0,312 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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