Bacterial Growth Temperature as a Horizontally Acquired Polygenic Trait
Notice bibliographique
Résumé
Evolutionary events leading to organismal preference for a specific growth temperature, as well as genes whose products are needed for a proper function at that temperature, are poorly understood. Using 64 bacteria from phylum Thermotogota as a model system, we examined how optimal growth temperature changed throughout Thermotogota history. We inferred that Thermotogota's last common ancestor was a thermophile and that some Thermotogota evolved the mesophilic and hyperthermophilic lifestyles secondarily. By modeling gain and loss of genes throughout Thermotogota history and by reconstructing their phylogenies, we demonstrated that adaptations to lower and higher growth temperature involve both the acquisition of necessary genes and loss of unnecessary genes. Via a pangenome-wide association study, we correlated presence/absence of 68 genes with specific optimal growth temperature intervals. While some of these genes are poorly characterized, most are involved in metabolism of amino acids, nucleotides, carbohydrates, and lipids, as well as in signal transduction and regulation of transcription. Most of the 68 genes have a history of horizontal gene transfer with other bacteria and archaea that often grow at similar temperatures, suggesting that parallel acquisitions of genes likely promote independent adaptations of different Thermotogota species to specific growth temperatures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».