Canada goose fecal microbiota correlate with geography more than host‐associated factors
Notice bibliographique
Résumé
Gut microbiota interact with host biology in numerous important ways. The forces shaping the composition, diversity, and function of the microbiota vary within and between species. Avian microbiota often correlate more strongly with sampling location specific environmental variables than with host‐associated factors such as age, but robust, range‐wide sampling is rare. To better understand the connection between geographic distance and the microbiota, fecal samples were collected from non‐migratory Canada goose populations across the United States. We expected that geographically closer populations would be exposed to more similar environmental microbes and would therefore have more similar gut microbiota. We hypothesized that intrinsic host‐associated factors would have a weak correlation to gut microbial composition and geographic distance would have a stronger correlation. We found that some components of Canada goose microbiota are present in a majority of the geese, including four bacterial phyla, five families, and three genera. However, there were significant differences in microbial alpha diversity based on state of origin as well as significant positive correlations between geography and beta diversity. Supervised machine learning models were able to predict the state and flyway of origin of a fecal sample based on bacterial composition alone. Distance−decay analysis showed a significant positive relationship between geographic distance and beta diversity. Our work provides novel insights into the microbiota of the Canada goose and supports the hypothesis that avian microbiota are influenced by the host's environment. This work also suggests that there is a minimum geographic distance, likely associated with sufficient variation in habitat, climate, and local food sources, that must be reached before significant differences in the microbiota between two populations can be detected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».