Infectious agent release and Pacific salmon exposure at Atlantic salmon farms revealed by environmental DNA
Notice bibliographique
Résumé
The potential risk posed by infectious agents (IAs) associated with netpen aquaculture to wild fishes is determined based on the "release" of IAs from netpens into the environment, the "exposure" of the wild fish to those released agents, and the "consequence" for wild fish experiencing infection by those agents. Information available to characterize these three factors is often lacking, and the occurrence of transmission from aquaculture to wild fish as well as potential consequences of such transmission are difficult to observe. In this study, we utilized environmental DNA (eDNA) to characterize the release of dozens of IAs from, and exposure of Pacific salmon to, Atlantic salmon aquaculture. We combined these factors with the consequence of infection, as determined by the literature, to identify IAs that may pose a risk to wild salmon exposed to aquaculture in British Columbia, Canada. Over an 18-month period, eDNA samples were collected from seven active and four inactive netpen aquaculture sites in the Broughton Archipelago, BC. A meta-analytical mean across 22 IAs showed that the odds of IA detection at active sites was 4.3 (95% confidence interval = 2.3:8.1) times higher than at inactive sites, with 11 IAs in particular demonstrating a pattern consistent with elevated release. Oncorhynchus tshawytscha was the only Pacific salmon species presenting eDNA detections more likely to occur around and within active netpens relative to inactive sites. After considering the evidence of negative consequences of infection (from previous literature) in tandem with release model results, we determined that Tenacibaculum maritimum, Tenacibaculum finnmarkense, Ichthyobodo spp., and Piscine orthoreovirus are potential risks to Pacific salmon exposed to marine netpen aquaculture. These IAs, and others demonstrating patterns consistent with release but with insufficient prior research to evaluate the consequences of infection, require further studies that identify the factors influencing the intensity of release, the spatial extent of release around netpens, and the prevalence of infection in wild fish within known distances from netpens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».