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Enregistrement W4405896544 · doi:10.1073/pnas.2311279121

Modular DNA origami–based electrochemical detection of DNA and proteins

2024· article· en· W4405896544 sur OpenAlexaff
Byoung-jin Jeon, Matteo M. Guareschi, Jaimie Marie Stewart, Emily Wu, Ashwin Gopinath, Netzahualcóyotl Arroyo‐Currás, Philippe Dauphin‐Ducharme, Kevin W. Plaxco, Philip S. Lukeman, Paul W. K. Rothemund

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensUniversité de Sherbrooke
Organismes subventionnairesArmy Research OfficeNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringOffice of Naval ResearchLife Sciences Research FoundationCalifornia Institute of TechnologyNational Science Foundation
Mots-clésAnalyteBiosensorStreptavidinNanotechnologyConformational changeAptamerModular designMaterials scienceCombinatorial chemistryDNALinkerCyclic voltammetryNanometreChemistryElectrochemistryElectrodeComputer scienceBiotinChromatographyBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The diversity and heterogeneity of biomarkers has made the development of general methods for single-step quantification of analytes difficult. For individual biomarkers, electrochemical methods that detect a conformational change in an affinity binder upon analyte binding have shown promise. However, because the conformational change must operate within a nanometer-scale working distance, an entirely new sensor, with a unique conformational change, must be developed for each analyte. Here, we demonstrate a modular electrochemical biosensor, built from DNA origami, which is easily adapted to diverse molecules by merely replacing its analyte binding domains. Instead of relying on a unique nanometer-scale movement of a single redox reporter, all sensor variants rely on the same 100-nm scale conformational change, which brings dozens of reporters close enough to a gold electrode surface that a signal can be measured via square-wave voltammetry, a standard electrochemical technique. To validate our sensor's mechanism, we used single-stranded DNA as an analyte, and optimized the number of redox reporters and various linker lengths. Adaptation of the sensor to streptavidin and Platelet-Derived Growth Factor-BB (PDGF-BB) analytes was achieved by simply adding biotin or anti-PDGF aptamers to appropriate DNA linkers. Geometrically optimized streptavidin sensors exhibited signal gain and limit of detection markedly better than comparable reagentless electrochemical sensors. After use, the same sensors could be regenerated under mild conditions: Performance was largely maintained over four cycles of DNA strand displacement and rehybridization. By leveraging the modularity of DNA nanostructures, our work provides a straightforward route to the single-step quantification of arbitrary nucleic acids and proteins.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,180

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,286
Écart entre enseignants0,272 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2024
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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