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Enregistrement W4405926657 · doi:10.1016/j.gastha.2024.100606

Metabolomic Signatures Highlight Fiber-Degrading Bacteroides Species in Mediterranean Diet Response Among Ulcerative Colitis

2024· article· en· W4405926657 sur OpenAlexafffundabout
Natasha Haskey, Jiayu Ye, Jessica Josephson, Maitreyi Raman, Sanjoy Ghosh

Notice bibliographique

RevueGastro Hep Advances · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensUniversity of CalgaryUniversity of British Columbia, Okanagan Campus
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCrohn's and Colitis CanadaCanadian Association of Gastroenterology
Mots-clésBacteroidesUlcerative colitisMetabolomicsMediterranean climateFiberMediterranean dietBiologyMedicineEcologyBacteriaDiseaseBioinformaticsInternal medicineGeneticsChemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background and Aims The Mediterranean diet pattern (MDP) is associated with health-associated gut microbes and metabolites. However, the impact of the MDP on the fecal metabolome in ulcerative colitis (UC) remains unclear. We characterized the fecal metabolome of patients with UC with high adherence to the MDP compared to the Canadian habitual diet (CHD). Furthermore, we explored potential differences in the fecal metabolome between dietary responders and nonresponders to the MDP. Methods Utilizing untargeted metabolomics on a subset of fecal samples obtained from a randomized controlled trial, adult patients with quiescent UC underwent a 12-week intervention following either the MDP (n = 8) or CHD (n = 8). Liquid chromatography-tandem mass spectrometry was employed to profile endogenous fecal metabolites, while 16S amplicon sequencing was utilized to profile the fecal microbiota. Results A total of 701 human metabolites were detected, with 35 exhibiting significant differential expression between the MDP and CHD groups. Noteworthy, folate biosynthesis, sphingolipid biosynthesis, and steroid biosynthesis were identified as major pathways affected. Moreover, microbial analysis showed that individuals with increased levels of the class Bacteroidia ( Bacteroides vulgatus [ B. vulgatus ], B . uniformis , and B . acidifaciens ) in their stool at baseline were more likely to respond to the MDP. Conclusion High adherence to an MDP is associated with beneficial metabolite changes associated with reducing inflammation in UC. In addition, fiber-degrading microbes abundant before dietary intervention played a role in the responsiveness to the MDP. This work lays the groundwork for developing a metabolic signature associated with the MDP to develop personalized nutrition strategies for UC prevention and treatment. ClinicalTrials.gov Number: NCT03053713.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,812
Score d'incertitude au seuil0,878

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,265
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2024
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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