Causes of heterozygosity excess: The case of Mexican populations of Populus tremuloides
Notice bibliographique
Résumé
The presence of heterozygous individuals in a population is crucial for maintaining genetic diversity, which can positively affect fitness and adaptability to environmental changes. While inbreeding generally reduces the proportion of heterozygous individuals in a population, polyploidy tends to increase the proportion. North American Populus tremuloides is one of the most widely distributed and ecologically important tree species in the Northern Hemisphere. However, genetic variation in Mexican populations of P. tremuloides , including the genetic signatures of their adaptation to a variety of environments, remains largely uncharacterized. The aim of this study was to analyze how inbreeding coefficient ( F IS ) and ploidy are associated with clonal richness, population cover, climate and soil traits in 91 marginal to small, isolated populations of this tree species throughout its entire distribution in Mexico. Genetic variables were determined using 36,810 filtered SNPs derived from genome re-sequencing. We found that F IS was approximately between 0 and –1, indicating an extreme heterozygosity excess. One key contributor to the observed extreme heterozygosity excess was asexual reproduction, although ploidy levels cannot explain this excess. Analysis of all neutral SNPs showed that asexual reproduction was positively correlated with observed heterozygosity ( H o ) but negatively correlated with expected heterozygosity ( H e ). Analysis of outlier SNPs also showed that asexual reproduction was positively correlated with H o and negatively correlated with H e , although this latter correlation was not significant. These findings support the presence of a Meselson effect. • The presence of heterozygous individuals in a P. tremuloides population is crucial for maintaining genetic diversity. • In Mexican P. tremuloides populations, polyploidy tends to increase the proportion of heterozygous individuals. • Asexual reproduction in these populations leads to extremely negative inbreeding coefficients. • Observed heterozygosity for neutral and outlier SNPs was positively correlated with clonal proliferation. • Our findings suggest a Meselson effect is counteracting the effects of inbreeding in small and isolated populations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».