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Enregistrement W4405940903 · doi:10.1371/journal.pone.0311104

Plasma microRNA signatures predict prognosis in canine osteosarcoma patients

2024· article· en· W4405940903 sur OpenAlexafffund
Latasha Ludwig, Michael Edson, Heather Treleaven, Alicia Viloria‐Petit, Anthony J. Mutsaers, Roger A. Moorehead, Robert A. Foster, Ayesha Ali, R. Darren Wood, Geoffrey A. Wood

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2024
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueVeterinary Oncology Research
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesOVC Pet TrustNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésmicroRNAOncologyDiseaseInternal medicineMedicineGrading (engineering)OsteosarcomaBioinformaticsPathologyBiologyGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Appendicular central osteosarcoma (OSA) is a common and highly aggressive tumour in dogs. Metastatic disease to the lungs is common and even with chemotherapy the prognosis is generally poor. However, few cases survive well beyond reported median survival times. Current methods, including histologic grading schemes, have fallen short in their ability to predict clinical outcome. MicroRNAs (miRNAs) are small molecules present in all tissues and bodily fluids and are dysregulated in cancer. Previous studies have demonstrated the diagnostic and prognostic potential of miRNAs in canine OSA. We sought to investigate multiple miRNA and multiple variable models for diagnosis and prognosis of canine OSA using plasma samples across three populations of dogs from two veterinary biobanks. Fifty-six miRNAs were analyzed by real-time quantitative polymerase chain reaction. MiR-214-3p was the only miRNA with increased expression across all OSA populations compared to controls. Using a decision tree model for diagnosis, miR-214-3p was the first step in this multi-miRNA model. High expression of miR-214-3p alone was also a predictor of shorter overall survival and disease-free interval across all populations. In both multiple miRNA and multiple variable models, miR-214-3p was always the first decision point with high expression consistently predicting a worse prognosis. Additional miRNAs in combination with low expression of miR-214-3p similarly had a worse prognosis demonstrating better outcome prediction using multiple miRNAs compared to using miR-214-3p alone. Multiple variable models only need to use miRNAs to be predictive although clinical parameters such as age, sex, and tumour location were considered. MiR-214-3p is clearly an important prognostic predictor of canine OSA in plasma as supported by previous studies and across our multiple sample populations. Multiple miRNA models provided superior categorization of patients in predicting clinical outcome parameters compared to the single miRNAs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,172
Score d'incertitude au seuil0,523

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,052
Tête enseignante GPT0,297
Écart entre enseignants0,245 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2024
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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