Probabilistic Annotations of Protein Sequences for Intrinsically Disordered Features
Notice bibliographique
Résumé
Abstract This paper introduces a novel platform for IDR Probabilistic Annotation (IPA). The IPA platform now encompasses tools for predicting ‘Linker’ regions and ‘nucleic’, ‘protein’, and ‘all’ (protein or nucleic) IDR binding sites within protein amino acid sequences. Despite its simplicity and computational efficiency, results demonstrate that IPA performs competitively with leading tools in predicting ‘protein’ and ‘all’ IDR binding sites while considerably outperforming all tools in identifying Linker regions and nucleic binding sites. An important contribution of this work is the introduction of a new output paradigm for computational feature predictions. Traditional tools typically express predictions as scores, with higher values indicating greater probabilities. However, these scores lack true probabilistic meaning and interpretability, even derived from logistic regression models. This limitation arises primarily because training data priors differ from broader populations’ unknown priors. This paper proposes applying a reverse Bayes Rule to logistic regression outputs, effectively normalizing for the priors in the training data. This adjustment produces scores representing actual probabilities, assuming 50% priors in the general population. Such scores are interpretable in isolation and enable comparability and integration across different tools, marking a significant step toward standardization in feature prediction methodologies. Availability orca.msl.ubc.ca/nmshare/ipa.tar.gz
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».