Structural conservation and divergence across the Receptor Tyrosine Kinase superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Members of the Receptor Tyrosine Kinase (RTK) superfamily are regulators of cellular signaling, playing essential roles in cellular growth, differentiation, and survival. Dysregulation of RTKs leads to diseases such as cancer, diabetes, and inflammatory disorders, making them important therapeutic targets. Despite extensive research on RTKs, the structural diversity and evolutionary relationships across the superfamily are not fully understood. Here, we systematically compared structural conservation and divergence among 245 extracellular domains from 54 RTKs, across 18 RTK families. Using experimentally-resolved structures and AlphaFold2 models, we conducted an all-versus-all structural alignment to explore domain architecture and quantify significant structural similarities within the RTK superfamily. We curated a comprehensive database encompassing PDB structures, 3D folds, ligand-binding properties, and sequence information of all RTK domains analyzed ( https://fasslero.github.io/RTK-domains ). Our analysis revealed numerous inter-family similarities and remote evolutionary connections, in particular among ligand-binding domains (LBDs), and distinct structural domain types and unexpected dissimilarities among domains previously classified as related. Our work highlights the intricate balance between structural conservation and divergence in RTKs and sheds light on the evolutionary mechanisms shaping this critical superfamily.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».