White matter hyperintensities and Alzheimer’s disease susceptibility: a genome‐wide interaction study
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background White matter hyperintensities (WMH) are commonly observed on MRI in Alzheimer’s disease (AD), but the molecular pathways underlying their relationships with the ATN biomarkers remain unclear. The aim of this study was to identify genetic variants that may modify the relationship between WMH and the ATN biomarkers. Method This genome‐wide interaction study (GWIS) included individuals with AD, MCI, and normal cognition from ADNI (n = 1012). WMH were measured from FLAIR MRI using an automated atlas‐based segmentation. CSF Aβ42, tau, and p‐tau concentrations were measured using Roche Elecsys immunoassays. Hippocampal volumes were obtained using FreeSurfer. Interaction effects between single nucleotide polymorphisms (SNP) and WMH volumes on ATN biomarkers were assessed using linear regression models, adjusting for age, sex, diagnosis, MMSE, APOE‐ε4 status, head‐size, and 4 genetic principal components in PLINK2. Linkage disequilibrium‐based clumping (LD: 0.5; physical distance: 250kb) was performed in PLINK1.9, visualized with LocusZoom. Significant SNP‐WMH interactions discovered in ADNI were validated in participants from the Sunnybrook Dementia Study (n = 433) and UK Biobank (n = 16720). Result A 30‐SNP intergenic locus on chromosome 18 (lowest p‐value‐SNP: rs72899960 T>A, β = 227.0 pg/ml, SE = 10.2, p = 2.30 × 10‐8, MAF = 11.1%, Imputation‐R2>0.99%, n = 848) achieved genome‐wide significance interacting with WMH to predict Aβ42, with the nearest gene being a novel long noncoding RNA (lncRNA), ENSG00000286844 (‐360KB). A 9‐SNP intronic locus on chromosome 11 (lowest p‐value‐SNP: rs3912008 C>T, β = 0.25 cm3, SE = 0.044, p = 1.47 × 10‐8, MAF = 22.6%, Imputation‐R2>99%, n = 987) achieved genome‐wide significance interacting with WMH to predict hippocampal volume, and was found within the microRNA gene MIR4300HG. Both SNPs showed additive moderation effects such that associations between WMH and ATN markers in major allele homozygotes were diminished in heterozygotes, and diminished further in minor allele homozygotes. The interaction between MIR4300HG‐rs3912008 and WMH in predicting hippocampal volume replicated in dominant models in both the Sunnybrook Dementia Study (F1,431 = 7.98, coefficient = 0.14 cm3, SE = 0.05, p = 0.005) and in UK Biobank (F1,16623 = 5.32, coefficient = 0.025 cm3, SE = 0.011, p = 0.021). Conclusion Genomic variants moderate relationships between WMH and ATN biomarkers suggesting a novel regulatory role for a long non‐coding RNA, and the involvement of microRNA MIR4300HG. This interaction study may help identify the contribution of specific genes and the potential pathways involved in the relationships between WMH and AD biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».