The identification of a SARs-CoV2 S2 protein derived peptide with super-antigen-like stimulatory properties on T-cells
Notice bibliographique
Résumé
Severe COVID-19 can trigger a cytokine storm, leading to acute respiratory distress syndrome (ARDS) with similarities to superantigen-induced toxic shock syndrome. An outstanding question is whether SARS-CoV-2 protein sequences can directly induce inflammatory responses. In this study, we identify a region in the SARS-CoV-2 S2 spike protein with sequence homology to bacterial super-antigens (termed P3). Computational modeling predicts P3 binding to sites on MHC class I/II and the TCR that partially overlap with sites for the binding of staphylococcal enterotoxins B and H. Like SEB and SEH derived peptides, P3 stimulated 25-40% of human CD4+ and CD8 + T-cells, increasing IFN-γ and granzyme B production. viSNE and SPADE profiling identified overlapping and distinct IFN-γ+ and GZMB+ subsets. The super-antigenic properties of P3 were further evident by its selective expansion of T-cells expressing specific TCR Vα and Vβ chain repertoires. In vivo experiments in mice revealed that the administration of P3 led to a significant upregulation of proinflammatory cytokines IL-1β, IL-6, and TNF-α. While the clinical significance of P3 in COVID-19 remains unclear, its homology to other mammalian proteins suggests a potential role for this peptide family in human inflammation and autoimmunity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».