Genome compaction underlies the molecular adaptation of bay cedar (Suriana maritima) to the extreme habitat on the tropical coral islands
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Notice bibliographique
Résumé
• Tropical coral islands represent one of the extremely stressful ecosystems whereas how plant species adapt to this special habitat at molecular level remains poorly understood. • The assembled genome of Bay cedar was very compact (292.8 Mb), which was likely caused by remarkable long terminal repeats retrotransposons’ reductions, and by massive losses of genes. • Comparative genomic analysis revealed that expanded genes, positively selected genes and/or preferentially retained genes after WGD may have contributed to the adaptation of Bay cedar to tropical coral island habitat. • Evidence from comparative transcriptomics uncovered numerous candidate genes associated with resistance to salt and drought stress, especially those involved in abscisic acid pathway (e.g., PP2Cs) and maintenance of cellular homeostasis. • Our findings suggested that the Bay cedar was adapted to the extreme environment on the tropical coral islands through genome compaction instead of expansion, which in turn restricted the distribution of the species in the unique habitat.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle