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Enregistrement W4406143928 · doi:10.1016/j.xpro.2024.103520

Protocol for generating and characterizing a nasal epithelial model using imaging with application for respiratory viruses

2025· article· en· W4406143928 sur OpenAlexafffund
Valery Lam, Yazan N. Khan, Shirley Constable, Lane B Buchanan, David Zuanazzi, Reeya Parmar, Zeynep Güneş Tepe, Leigh J. Sowerby, Cindy M. Liu, Ryan M. Troyer, Jessica L. Prodger

Notice bibliographique

RevueSTAR Protocols · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueRespiratory viral infections research
Établissements canadiensSt Joseph's Health CareWestern University
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesRobarts Research InstituteMinistère de l’Éducation, Gouvernement de l’OntarioNational Institutes of HealthGovernment of OntarioCanada Research ChairsCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésRespiratory systemVirologyProtocol (science)MedicineComputer scienceComputational biologyPathologyBiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Air-liquid interface (ALI) culture can differentiate airway epithelial cells to recapitulate the respiratory tract in vitro . Here, we present a protocol for isolating and culturing nasal epithelial cells from turbinate tissues for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. We describe steps to overcome challenges of imaging fragile cultures, detect the production of mucus, and quantify intracellular virus post-SARS-CoV-2 infection. We present data on the optimal duration of ALI maturation prior to experimentation and describe which steps can be altered to optimize testing of specific hypotheses. • Isolation of primary nasal epithelial cells from donor tissue turbinate • Generation and characterization of an in vitro nasal model by air-liquid interface • Double-embedding and antigen retrieval for histology and immunohistochemistry staining • Application of a matured 42-day nasal epithelial model on SARS-CoV-2 infection Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. Air-liquid interface (ALI) culture can differentiate airway epithelial cells to recapitulate the respiratory tract in vitro . Here, we present a protocol for isolating and culturing nasal epithelial cells from turbinate tissues for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) infection. We describe steps to overcome challenges of imaging fragile cultures, detect the production of mucus, and quantify intracellular virus post-SARS-CoV-2 infection. We present data on the optimal duration of ALI maturation prior to experimentation and describe which steps can be altered to optimize testing of specific hypotheses.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,568
Score d'incertitude au seuil0,640

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,147
Tête enseignante GPT0,481
Écart entre enseignants0,334 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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