Quantifying sulfhydryl oxidation rates using Ellman's procedure
Notice bibliographique
Résumé
Ellman's procedure has been used to study the oxidation rates of cysteine (CSH) and glutathione (GSH) in aqueous solutions, and it was reported that, for CSH, the number of sulfhydryl molecules not oxidized became zero at a specific time, called tc, where it was reported to be finite. We point out that under very general considerations, we should observe tc to be unbounded, and it becomes infinite. The reason is that as the process of forming a disulfide bond proceeds, the probability of two CSH molecules finding each other eventually becomes vanishingly small so that the number of unoxidized molecules approach zero only as tc becomes infinite. We used a Smoluchowski equation to model the process of disulfide bond formation in order to understand how a finite tc can be observed. In addition, atomic scale molecular dynamics simulations were carried out in order to study the spatial distributions of CSH and GSH in aqueous solutions. It was found that electrostatic interactions bring about aggregation of these molecules, and we conclude that this aggregation “hides” unoxidized sufhydryl moieties from interacting with (5,5′-dithiobis-(2-nitrobenzoic acid) DTNB of Ellman's reagent, thereby remaining undetected. It will thus appear as if the number of unoxidized moieties has become zero. In order that all sulfhydryl moieties be detected, it is necessary to disrupt the aggregate, as has been carried out for proteins, so as to expose those moieties to be oxidized and be detected.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».