Modified multiplex PCR for serotyping and pathotyping of Streptococcus suis
Notice bibliographique
Résumé
Introduction. Streptococcus suis is a zoonotic pathogen that causes invasive infections in humans who have been in close contact with infected pigs or contaminated pork-derived products. There is currently no consensus on the universal virulence factors or markers that can differentiate pathogenic from non-pathogenic or commensal S. suis isolates. Gap statement. A diagnostic tool for serotyping and pathotyping of S. suis is required for active public health surveillance and the One-Health approach. Aim. To improve the former multiplex PCR to serotyping all 29 recognized ‘true’ serotypes and distinguish pathogenic pathotypes using primers targeting the capsule and ROK pathogenic marker genes. Methodology. Four sets of multiplex PCRs were modified and improved to detect all 29 recognized serotypes of S. suis and distinguish their pathogenic pathotypes using the ROK gene. Results. This multiplex PCR allowed for the simultaneous amplification of S. suis -specific, serotype-specific and pathogenic pathotypes from the DNA of each serotype in each reaction. The accuracy, sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of the pathogenic ROK marker genes were 84.7% (625/738), 96.4% (423/439), 67.6% (202/299), 81.4% (423/520) and 92.7% (202/218), respectively. There was a significant ( P -value <0.001), high positive likelihood ratio [2.9 with 2.5–3.5 of 95% confidence interval (CI)] and a significant odds ratio (55.1 with 31.6–95.9 of 95 % CI), which indicated that the ROK gene could be used as the pathogenic pathotype marker. No cross-reactions were observed with other bacterial species. Conclusion. This modified multiplex PCR was able to distinguish 29 well-known serotypes and predicted the pathogenic pathotypes of S. suis isolates from humans and pigs in a single assay. It is useful for One-Health surveillance of human and pig isolates of S. suis .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».