Evaluation of MALDI-TOF for identification of Vibrio cholerae and Vibrio parahaemolyticus from growth on agar media
Notice bibliographique
Résumé
Two methods were compared for their ability to accurately identify Vibrio species of interest: whole genome sequencing as the reference method and MALDI-TOF MS (matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry) proteome fingerprinting. The accuracy of mass spectrometry-based identification method was evaluated for its ability to accurately identify isolates of Vibrio cholerae and Vibrio parahaemolyticus. Identification result of each isolate obtained by mass spectrometry was compared to identification by whole genome sequencing (WGS). The MALDI-TOF MS system had excellent performance for identification of V. cholerae and V. parahaemolyticus isolates grown on a non-selective solid agar media. Unlike the biochemical characterization performed by API20E. In this study, 161 isolates (V. cholerae, n = 33; V. parahaemolyticus, n = 102; V. spp., n = 23; other enteropathogens, Salmonella and E. coli, n = 3) were used to assess accuracy. The MALDI-TOF MS system was able to accurately identify 100% (33/33) of the V. cholerae isolates and 99.9% (101/102) of V. parahaemolyticus isolates, with 100% for both sensitivity and specificity for V. cholerae and 99% sensitivity and 98% specificity for V. parahaemolyticus. Thus, mass spectrometry for bacterial identification is comparable to the WGS. Furthermore, in comparison to a biochemical characterization, the use of MALDI-TOF MS system shortens the analysis time from over 72 h to less than 24 h. KEY POINTS: • V. cholerae and V. parahaemolyticus were successfully ID-ed by MALDI-TOF • MALDI-TOF sensitivity and specificity parallels the WGS method of identification • MALDI-TOF is several days faster than the battery of culture-dependent methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».