Whole-genome sequencing of the Streptomyces coelicolor bldA39 mutant (J1700) of reveals hundreds of previously unknown mutations.
Notice bibliographique
Résumé
We report the genome sequence of the bldA39 (J1700) mutant Streptomyces coelicolor, a historically important strain that is deficient in sporulation and antimicrobial production. The S. coelicolor J1700 strain was used extensively from the 1980s onwards to underpin important discoveries in development and antibiotic production in Streptomyces. The bldA gene encodes a leucyl transfer RNA (tRNA), required for the translation of the rare TTA codon found in ~2% of genes in Streptomyces. The whole genome of S. coelicolor J1700 was obtained via Illumina sequencing and mapped to the of S. coelicolor M145 reference genome. Analysis of the genome sequence compared to S. coelicolor M145 identified the known bldA39 mutation (T>C) and revealed more than 300 further mutations, likely associated with the S. coelicolor J1501 genetic background the strain was created in, including the nature of the hisA1 and uraA1 alleles used extensively in genetic mapping experiments and several mutations in natural product biosynthetic gene clusters. This work highlights the importance of whole genome sequencing of historically important strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».