A sweeping view of avian mycoplasmas biology drawn from comparative genomic analyses
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Avian mycoplasmas are small bacteria associated with several pathogenic conditions in many wild and poultry bird species. Extensive genomic data are available for many avian mycoplasmas, yet no comparative studies focusing on this group of mycoplasmas have been undertaken so far. RESULTS: Here, based on the comparison of forty avian mycoplasma genomes belonging to ten different species, we provide insightful information on the phylogeny, pan/core genome, energetic metabolism, and virulence of these avian pathogens. Analyses disclosed considerable inter- and intra-species genomic variabilities, with genome sizes that can vary by twice as much. Phylogenetic analysis based on concatenated orthologous genes revealed that avian mycoplasmas fell into either Hominis or Pneumoniae groups within the Mollicutes and could split into various clusters. No host co-evolution of avian mycoplasmas can be inferred from the proposed phylogenetic scheme. With 3,237 different gene clusters, the avian mycoplasma group under study proved diverse enough to have an open pan genome. However, a set of 150 gene clusters was found to be shared between all avian mycoplasmas, which is likely encoding essential functions. Comparison of energy metabolism pathways showed that avian mycoplasmas rely on various sources of energy. Superposition between phylogenetic and energy metabolism groups revealed that the glycolytic mycoplasmas belong to two distinct phylogenetic groups (Hominis and Pneumoniae), while all the arginine-utilizing mycoplasmas belong only to Hominis group. This can stand for different evolutionary strategies followed by avian mycoplasmas and further emphasizes the diversity within this group. Virulence determinants survey showed that the involved gene arsenals vary significantly within and between species, and could even be found in species often reported apathogenic. Immunoglobulin-blocking proteins were detected in almost all avian mycoplasmas. Although these systems are not exclusive to this group, they seem to present some particular features making them unique among mycoplasmas. CONCLUSION: This comparative genomic study uncovered the significant variable nature of avian mycoplasmas, furthering our knowledge on their biological attributes and evoking new hallmarks.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».