Associations between peripheral blood DNA methylation and FDG‐PET signal in AD individuals
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Epigenetics plays a crucial role in regulating genetic transcription and responding to environmental and lifestyle changes without altering the DNA sequence. Their dysregulation is associated with AD, presenting potential as blood biomarkers. However, no study has evaluated whether peripheral blood (PB) epigenetic biomarkers are associated with brain metabolism, indexed by FDG‐PET, a classic Imaging AD biomarker. Thus, we explore the associations between PB DNA methylation and FDG‐PET signal in the brain of cognitively unimpaired (CU) and AD individuals. Method We evaluated CU=43 and AD=122 individuals from the ADNI cohort who underwent FDG‐PET imaging and PB DNA methylation analysis. Methylation data were analyzed using the minfi R package. Correlation analysis was performed with the statistically significant differentially methylated regions (DMRs) (p<0.005) and the regional FDG‐PET standardized uptake value ratio (SUVRs) values extracted with the DKT atlas. Voxel‐wise associations between FDG‐PET and DMRs were tested using linear regressions accounting for group, gender, age, and APOE4 status. The analysis was corrected for multiple comparisons using cluster‐wise RFT (p<0.05). Result We identified 478 DMRs (Figure 1), multiple of them significantly associated with regional FDG‐PET SUVRs (Figure 2). The voxel‐based analysis demonstrated that DMR cg02041677, located in the ATE1 gene, was negatively associated with FDG‐PET signal in the left hippocampus, right orbitofrontal gyrus, and right medial temporal gyrus (tmax=‐4.28, ‐4.04, ‐3.58, respectively; p‐value<0.001). The cg11128212, in the intron, nearby two lncRNA (ENSG00000289046, ENSG00000274591), was positively associated with brain metabolism in the left hippocampus, left temporal pole, and left middle temporal gyrus (tmax=4.08, 3.98, 3.80, respectively; p‐value<0.001) while the cg11901271, located in intron, nearby of a LncRNA (ENSG00000287358), showed positive correlations with FDG‐PET in the Left hippocampus (tmax=5.35, respectively; p‐value<0.001) (Figure 3). Conclusion Here, we show that PB DMRs exhibited a significant pattern of association with brain glucose metabolism in vulnerable AD regions. LncRNAs are important transcriptional regulators, the methylation could impact gene expression in AD and present potential as blood biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».