Whole genome sequence‐based association of cognitive decline and retinal thickness in the Japanese population
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Dementia is age‐related with a significant genetic contribution, yet genome‐wide association studies have not fully accounted for heritability. This discrepancy may in part be due to reliance on SNPs and small indels. Whole‐genome sequencing (WGS) data in the Japanese population may reveal population‐specific susceptibility loci for dementia. Retinal imaging with optical coherence tomography (OCT) is noninvasive, reproducible, and can detect thinning associated with progressive neurodegeneration. Association of population‐specific genetic susceptibility loci with retinal thinning and cognitive decline may reveal novel aspects of dementia risk and pathophysiology. Method Among participants with WGS data from the Tohoku Medical Megabank Organization (ToMMo) Ophthalmology Study ("ToMMo Eye Study"), individuals with adequate quality data on retinal nerve fiber layer and ganglion cell layer thickness from spectral‐domain optical coherence tomography (SD‐OCT) scans were selected. Since retinal thinning also occurs in glaucoma, we performed a GWAS using age, sex, and 10 principal components as covariates using SAGE1.2 to obtain a set of genes responsible for glaucoma and confirm that the genotyping was successful. We then attempted to identify susceptibility loci for cognitive decline by using (1) the Mini‐Mental State Examination, Japanese version (MMSE‐J), (2) the Montreal Cognitive Assessment, Japanese version (MoCA‐J), and (3) the Mini‐COG© (a simple screening for early detection of dementia, Japanese version) scores as associated factors, respectively. Furthermore, these validation results were also compared with those obtained from GWAS using imputation data performed on custom arrays (Japonica ArrayTM, v2 or NEO) for Japanese. Result 84 significant (p < 5.0E‐8) genome‐wide susceptibility loci (hg38) of RNFL were detected on 14K WGS‐based study (the top hit locus: Chr14, SIX6 gene, P=4.50E‐46). There were many genetic loci that have already been reported to be associated with glaucoma susceptibility, including the above locus. Among the results of GWAS for cognitive decline combining the three cognitive scores after normalization to z‐scores, several loci have shown significant susceptibility in both of RNFL and cognitive rating scale. Some loci suggested more than a high or moderate effect of altering protein efficacy. Conclusion We present an initial WGS‐based genetic study of retinal thickness and cognitive decline in the Japanese population.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».