Computational Analysis of <i>CC2D1A</i> Missense Mutations: Insight into Protein Structure and Interaction Dynamics
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide CC2D1A is implicated in a range of conditions, including autism spectrum disorder, intellectual disability, seizures, autosomal recessive nonsyndromic intellectual disability, heterotaxy, and ciliary dysfunction. In order to understand the molecular mechanisms underlying these conditions, we focused on the structural and dynamic activity consequences of mutations within this gene. In this study, whole exome sequencing identified the c.1552G > A (GLU518LYS) missense mutation in the CC2D1A in an 18-year-old male, linking it to intellectual disability and autism. In addition to the GLU518LYS mutation, we conducted a comprehensive analysis of other predefined missense mutations (i.e., PRO192LEU, GLN506ARG, PRO532LEU, GLY781VAL, and GLY781GLU) found within the CC2D1A . Utilizing all-atom molecular dynamics (MD) simulations and neighborhood interaction analyses, we delve into the impact of these mutations on protein structure and function at an atomic level, aiming to shed light on their contribution to the pathogenesis of related diseases. The results suggest that GLU518LYS, GLY781VAL, and GLY781GLU mutations did not significantly alter overall global protein structure compared to the wild type, while PRO192LEU, GLN506ARG, and PRO532LEU exhibited slightly higher protein root-mean-square deviation (RMSD) values, which may indicate potential impacts on whole protein stability. Moreover, neighborhood interaction analysis indicated that ASP85 emerges as a unique interaction partner specifically associated with the GLU518LYS mutation, whereas LYS75, which interacts with the ASP85 in the mutated form, is absent in the wild type. This alteration signifies a crucial reconfiguration in the local interaction network at the site of the mutation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».