Functional genotype classification groups distinguish disease severity in recessive dystrophic epidermolysis bullosa
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Recessive dystrophic epidermolysis bullosa (RDEB) is a genetic disorder caused by pathogenic variants in COL7A1. OBJECTIVES: To determine the association between different COL7A1 variants and clinical disease severity in 236 North American patients with RDEB. METHODS: Published reports or in silico predictions were used to assess the impact of pathogenic variants in COL7A1 on type VII collagen (C7) protein function. Three impact categories were postulated: genotypes that would be likely to cause a low impact on C7 function (splice B/missense, missense/missense); a medium impact [premature termination codon (PTC)/splice B, splice A/splice B, PTC/missense, splice A/missense, splice B/splice B]; and a high impact (PTC/PTC, PTC/splice A, splice A/splice A). Splice A variants are predicted to cause downstream PTCs, while splice B variants cause in-frame exon skipping and are therefore less deleterious. RESULTS: The severity of functional impact was significantly associated with a history of gastrostomy tube placement, oesophageal dilation, hand surgery, anaemia, renal disease, chronic wounds, diffuse skin involvement and a history of squamous cell carcinoma. The odds of death were 3.5 time higher in the high-impact vs. medium-impact group (95% confidence interval 1.24-8.50; P = 0.02). Patients in the high-impact group had worse clinical outcomes. CONCLUSIONS: Functional genotype categories are a feasible approach to risk-stratify patients based on predicted C7 function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».