Updated Surveillance Metrics and History of the COVID-19 Pandemic (2020-2023) in East Asia and the Pacific Region: Longitudinal Trend Analysis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: This study updates the COVID-19 pandemic surveillance in East Asia and the Pacific region that we first conducted in 2020 with 2 additional years of data for the region. OBJECTIVE: First, we aimed to measure whether there was an expansion or contraction of the pandemic in East Asia and the Pacific region when the World Health Organization (WHO) declared the end of the COVID-19 public health emergency of international concern on May 5, 2023. Second, we used dynamic and genomic surveillance methods to describe the dynamic history of the pandemic in the region and situate the window of the WHO declaration within the broader history. Finally, we aimed to provide historical context for the course of the pandemic in East Asia and the Pacific region. METHODS: In addition to updates of traditional surveillance data and dynamic panel estimates from the original study, this study used data on sequenced SARS-CoV-2 variants from the Global Initiative on Sharing All Influenza Data to identify the appearance and duration of variants of concern. We used Nextclade nomenclature to collect clade designations from sequences and Pangolin nomenclature for lineage designations of SARS-CoV-2. Finally, we conducted a 1-sided t test to determine whether the regional weekly speed was greater than an outbreak threshold of 10. We ran the test iteratively with 6 months of data across the sample period. RESULTS: Several countries in East Asia and the Pacific region had COVID-19 transmission rates above an outbreak threshold at the point of the WHO declaration (Brunei, New Zealand, Australia, and South Korea). However, the regional transmission rate had remained below the outbreak threshold for 4 months. In the rolling 6-month window t test for regional outbreak status, the final P value ≤.10 implies a rejection of the null hypothesis (at the α=.10 level) that the region as a whole was not in an outbreak for the period from November 5, 2022, to May 5, 2023. From January 2022 onward, nearly every sequenced SARS-CoV-2 specimen in the region was identified as the Omicron variant. CONCLUSIONS: While COVID-19 continued to circulate in East Asia and the Pacific region, transmission rates had fallen below outbreak status by the time of the WHO declaration. Compared to other global regions, East Asia and the Pacific region had the latest outbreaks driven by the Omicron variant. COVID-19 appears to be endemic in the region, no longer reaching the threshold for a pandemic definition. However, the late outbreaks raise uncertainty about whether the pandemic was truly over in the region at the time of the WHO declaration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».