Analysis of Retinal Thickness in Patients with Chronic Diseases Using Standardized Optical Coherence Tomography Databases Based on the Radiology Common Data Model (R-CDM) (Preprint)
Notice bibliographique
Résumé
Background: The Observational Medical Outcome Partners-Common Data Model (OMOP-CDM) is an international standard for harmonizing electronic medical record (EMR) data. However, since it does not standardize unstructured data, such as medical imaging, using this data in multi-institutional collaborative research becomes challenging. To overcome this limitation, extensions such as the Radiology Common Data Model (R-CDM) have emerged to include and standardize these data types. Objective: This work aims to demonstrate that by standardizing optical coherence tomography (OCT) data into an R-CDM format, multi-institutional collaborative studies analyzing changes in retinal thickness in patients with long-standing chronic diseases can be performed efficiently. Methods: We standardized OCT images collected from two tertiary hospitals for research purposes using the R-CDM. As a proof of concept, we conducted a comparative analysis of retinal thickness between patients who have chronic diseases and those who have not. Patients diagnosed or treated for retinal and choroidal diseases, which could affect retinal thickness, were excluded from the analysis. Using the existing OMOP-CDM at each institution, we extracted cohorts of patients with chronic diseases and control groups, performing large-scale 1:2 propensity score matching (PSM). Subsequently, we linked the OMOP-CDM and R-CDM to extract the OCT image data of these cohorts and analyzed central macular thickness (CMT) and retinal nerve fiber layer (RNFL) thickness using a linear mixed model. Results: OCT data of 261,874 images from Ajou University Medical Center (AUMC) and 475,626 images from Seoul National University Bundang Hospital (SNUBH) were standardized in the R-CDM format. The R-CDM databases established at each institution were linked with the OMOP-CDM database. Following 1:2 PSM, the type 2 diabetes mellitus (T2DM) cohort included 957 patients, and the control cohort had 1603 patients. During the follow-up period, significant reductions in CMT were observed in the T2DM cohorts at AUMC (P=.04) and SNUBH (P=.007), without significant changes in RNFL thickness (AUMC: P=.56; SNUBH: P=.39). Notably, a significant reduction in CMT during the follow-up was observed only at AUMC in the hypertension cohort, compared to the control group (P=.04); no other significant differences in retinal thickness were found in the remaining analyses. Conclusions: The significance of our study lies in demonstrating the efficiency of multi-institutional collaborative research that simultaneously uses clinical data and medical imaging data by leveraging the OMOP-CDM for standardizing EMR data and the R-CDM for standardizing medical imaging data.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,022 | 0,061 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».