Genome-wide association study identifies candidate genes affecting body conformation traits of Zhongwei goat
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Identifying markers or genes crucial for growth traits in Zhongwei goats is pivotal for breeding. Pinpointing genetic factors linked to body size gain enhances breeding efficiency and economic value. In this study, we used the MGISEQ-T7 platform to re-sequence 240 Zhongwei goats (133 male; 107 female) belonging to 5 metrics of growth traits at different growth stages (40 days and 6 months, here in after referred to as 40d and 6 m), namely, Body Weight (BW), Body Height (BH), Body Length (BL), Chest Circumference (CC), Tube Circumference (TC) were examined. A Genome-wide association study (GWAS) was conducted to identify candidate genes associated with the five indicators of body conformation traits, thereby establishing a foundation for subsequent investigations into the biological functions of these genes. RESULTS: A total of 19.89 Tb of raw data was generated with an average sequencing depth of about 20×. After quality control, 15,958,716 SNPs were available for the analysis. A total of 342 genome-wide significant SNPs were obtained. Among them, in the two physiological stages of 40d and 6 m, 147 and 32 SNPs were significantly associated with BW; 1 and 4 SNPs were significantly associated with BH; 19 and 6 SNPs were significantly associated with BL; 33 and 64 SNPs were significantly associated with CC, 34 and 2 SNPs were significantly associated with TC. These SNPs were annotated to 425 candidate genes. Finally, A total of 39 candidate genes are closely related to biological processes such as skeletal muscle development, skeletal formation, carcass quality, and embryonic development, where ADIPOQ, CCDD39, PTPRT, ZNF215, VRTN, ABCD4, DLST, ADAMTS2, ROBO1, AKAP13, AQPI, SOX2, and AHSG were identified as an important component of the genetic framework that may control somatic conformational traits in Zhongwei goats. which warrants further investigation and review. We verified the polymorphism of 11 SNPs by KASP, and found that Chr13_g.11,700,438 A > G, Chr15_g.37,120,328 A > G, Chr6_g.7,209,383 C > T, Chr20_g.51277932T > A, Chr19_g.17,078,199 A > G, and Chr1_g.79,943,276 C > T were significantly genotyped in verified populations (P < 0.001). CONCLUTION: It is the first GWAS study to analyze genomic data from 40d and 6 m of Zhongwei goats to understand the molecular genetic mechanisms of growth. Our research identified a series of SNPs and candidate genes associated with growth traits, which could assist us in developing the meat production trait in Zhongwei goats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».