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Enregistrement W4406373704 · doi:10.1186/s12864-024-11194-1

Slight thermal stress exerts genetic diversity selection at coral (Acropora digitifera) larval stages

2025· article· en· W4406373704 sur OpenAlexfundno aff
Cristiana Manullang, Nozomi Hanahara, Ariyo Imanuel Tarigan, Yuko Abe, Mao Furukawa, Masaya Morita

Notice bibliographique

RevueBMC Genomics · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueCoral and Marine Ecosystems Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsJapan Society for the Promotion of ScienceUniversity of the Ryukyus
Mots-clésBiologyAcroporaGenetic diversityCoralLarvaReefPopulationEvolutionary biologyZoologyEcology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Rising seawater temperatures increasingly threaten coral reefs. The ability of coral larvae to withstand heat is crucial for maintaining reef ecosystems. Although several studies have investigated coral larvae's genetic responses to thermal stress, most relied on pooled sample sequencing, which provides population-level insights but may mask individual genotype variability. This study uses individual larval sequencing to investigate genotype-specific responses to heat stress and the selective pressures shaping their genomes, offering finer resolution and deeper insights. RESULTS: This study investigates the larval response to heat stress before acquiring symbiotic algae, aiming to elucidate the relationship between coral genetic diversity and heat stress. Larvae sourced from eight Acropora digitifera colonies were subjected to ambient temperature (28 °C) and heat conditions (31 °C). The impact of heat stress on larval genetic diversity was assessed through sequencing. While overall genetic diversity, represented by π, did not significantly differ between the control and heat-exposed groups, Tajima's D differed, indicating different selective pressures in each group. The genomic regions under higher and lower Tajima's D were not broadly shared among control and head conditions, implying that selective pressures operated in distinctive manners. Many larval protein-coding sequences were identified in this genomic region, and the codon evolution of many of these genes showed signs of positive selection. These results highlight the complex selective pressures on coral larvae under different temperatures. The genes showing signs of positive selection in response to heat stress may have also been influenced by historical temperature fluctuations, as suggested by their association with loci identified during Acroporid speciation. These loci under codon-level positive selection during speciation highlight the potential role of genetic diversity in shaping adaptation to environmental changes over evolutionary timescales. CONCLUSION: These findings underscore the significance of genetic diversity in coral reproduction for maintaining reef ecosystems. They also indicate that even minor heat stress can exert significant selective pressure, potentially leading to profound implications for coral reef ecosystems. This research is crucial for understanding the impact of rising seawater temperatures on coral reefs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,198
Écart entre enseignants0,188 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2025
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Résumé présentoui

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